¿Como eliminar virus de un PenDrive?

1-Los virus usan el autorun como plataforma para ejecutarse. Los de los pendrives comunmente funcionan con dos archivos, el ejecutable y el autorun.inf

La solución simple para esto es hacer una carpeta llamada autorun.inf dentro del pendrive. No se puede crear un archivo del mismo nombre q una carpeta; no funciona creando un archivo del mismo nombre porq el virus te lo sobreescribe) de esta forma el virus queda dentro del pendrive pero no se ejecuta porque no tiene el autorun que lo hacía arrancar (lo vas a estar paseando para todos lados pero no se va a ejecutar cuando lo conectes a una maquina)

A veces el virus te la oculta a la carpeta autorun.inf pero sabes que siempre esta y que podes acceder desde la barra de tu explorador.

También sirve para los discos duros hace una carpeta autorun.inf en el raiz de tu disco y te salvas de virus como el driver.com.

Sirven también para los MP3, MP4, MP5, telefonos moviles y camaras (todo lo que tenga una memoria flash).

2-Tambien hay antivirus que al introducir el pendrive si tiene virus te lo habisa y te lo bloquea para que nada entre en tu ordenador y te da la opcion de analizarlo y eliminar los virus.

3-Otra forma seria formatear el pendrive a NTFS, que se haria de esta manera:

La mayoría de los pendrives que compramos actualmente vienen formateados en Fat32, esto tiene algunos inconvenientes, y el mayor suele ser el hecho de no poder copiar ficheros de más de 4 gigas en nuestro pendrive, pero hay una solución, formatearlo a NTFS, aquí os mostramos los pasos:

En primer lugar conectaremos el pendrive/Disco duro a nuestro ordenador y haremos una copia de seguridad de todos nuestros datos, ya que estos se van a borrar del pendrive al formatear.

Una vez realizada la copia de seguridad haremos click con el botón derecho del ratón sobre el icono de Mi Pc y pincharemos después en propiedades.

Se mostrara la siguiente ventana, en ella seleccionamos la pestaña Hardware y a continuación Administrador de dispositivos.

Ahora nos encontraremos con el administrador de dispositivos en el cual expandiremos nuestras unidades haciendo click en el mas que hay junto a unidades de disco, una vez realizado esto pincharemos con el botón derecho en la unidad del pendrive y haremos click en propiedades.

Dentro de la ventana de propiedades entraremos en la segunda pestaña (Directivas) y seleccionaremos "Optimizar para rendimiento" haremos click en Aceptar e iremos de nuevo a Mi Pc.

Dentro de Mi Pc haremos click con el botón derecho sobre la unidad que queremos pasar a ntfs y pincharemos sobre Formatear.

Ahora ya nos dejara seleccionar en sistema de archivos NTFS, lo hacemos y pinchamos en iniciar.
Solo queda esperar a que formatee y ya tendremos la unidad en NTFS.

Solo queda decir que si sois de los que suelen sacar el pendrive sin darle a lo de desconectar no estaría de mas volver a cambiar las directivas a optimizar para extracción rápida una vez formateado el pendrive, de esta manera no correréis riesgos de pérdidas de datos si se os olvida pinchar en "Extraer con seguridad".

Aqui os dejo el link de algunos videos de ayuda, espero que os sirva.
http://www.youtube.com/watch?v=clR0vRV6yNc
http://www.youtube.com/watch?v=14v1tiso2Ls
http://www.youtube.com/watch?v=q_mht6j8_Q8